제1절 총론
제16조(기구)
① 조합에는 다음의 기구를 둔다.
1. 총회
2. 대의원대회
3. 중앙위원회
4. 중앙집행위원회
5. 상설위원회
6. 선거관리위원회
7. 징계위원회
② 조합 산하에 다음의 기관 및 기구를 설치할 수 있다.
1. 정책연구소
2. 소비조합
3. 신용협동조합
4. 특별위원회
제17조(회의) 조합의 규약이 정한 각 회의는 별도의 규정이 없는 한 재적의원 과반수로써 성립되고 출석 의원 과반수의 찬성으로 의결한다. 다만, 규약의 변경 또는 임원의 해임, 합병·분할·해산 및 조직형태의 변경에 관한 회의는 재적의원 과반수의 출석과 출석의원 3분의 2 이상의 찬성으로 의결한다.
제18조(회의운영 규정) 회의의 운영에 관한 규정은 중앙위원회의 의결로 별도의 규정을 둘 수 있다.
제19조(제규정) 조합의 처무, 회계 등 제 규정은 별도로 정한다.

제4절 중앙위원회
제27조(구성 및 소집공고) ① 중앙위원회는 회계감사를 제외한 임원과 각 지부장으로 구성한다. 다만, 지부장이 부득이한 사유로 참석할 수 없을 때에는 지부장이 지명하는 조합원에게 중앙위원의 권한을 위임할 수 있다.
② 지부장이 조합에 상근할 때에는 위촉된 부지부장 또는 지부장 직무대행이 자동적으로 중앙위원회의 구성원이 된다.
③ 위원장이 필요하다고 인정한 때 또는 중앙위원 3분의 1 이상의 명의로 회의에 부의할 사항을 제시하고 소집을 요청할 때, 위원장이 지체없이 소집하여야 한다.
④ 임원의 전원 유고시에는 중앙위원 과반수의 명의로 소집할 수 있다.
제28조(의결사항) 중앙위원회는 다음 사항을 심의·의결한다.
1. 임시대의원대회의 소집 요청
2. 제 규정의 제정 및 개정
3. 각 지부 임원의 인준
4. 지부 및 분회운영규정의 승인
5. 당면 정치정세 및 노동정세에 관한 검토 및 대책수립
6. 산하 기구의 합병, 분할 및 폐지, 명칭개정 인준
7. 대의원대회의 상정안건 심의
8. 지부 및 산하기구의 설치
9. 상설위원회의 운영에 관한 사항
10. 각급 투쟁위원회에 관한 사항
11. 각급 대책위원회에 관한 사항
12. 단체교섭위원의 구성심의
13. 지부 및 조합원 징계
14. 임원의 전원 유고시 직무대행 결정에 관한 사항
15. 규약의 해석
16. 대외연대에 관한 사항
17. 상급단체 대의원의 결정
18. 기타 중요한 사항

제5절 중앙집행위원회
제29조(구성 및 소집) 중앙집행위원회는 임원(회계감사제외), 상설위원회위원장, 각 국장으로 구성하며, 위원장이 소집한다. 다만 위원장은 지부의 규모 등을 고려하여 중집위원을 추가로 임명할 수 있다.
제30조(기능)조합 중앙집행위원회의 기능은 다음과 같다.
1. 대의원대회 및 중앙위원회 수임사항 집행에 관한 사항
2. 각 지부 업무지시 및 지도사항
3. 각 지부 및 분회의 신설과 분할 및 병합에 대한 건의안 채택
4. 대의원대회의 및 중앙위원회 준비 일체에 관한 사항
5. 조합 고문 및 자문위원 추대
6. 각 지부 및 분회에 대한 조사지시에 관한 사항
7. 각종 규정제정에 관한 상정안 심의
8. 지부 대의원대회에서 징계처분된 자에 대한 심의 결의
9. 대의원대회 및 중앙위원회에 참석권 및 발언권에 대한 심의 건의
10. 사고지부, 분회의 수습처리와 직무대행 위촉에 관한 사항
11. 각 지부의 노동쟁의에 관한 사항
12. 단체교섭 위임에 관한 사전 심의
13. 기타 중요한 사항

제6절 상설위원회
제31조(상설위원회)상설위원회는 조직위원회, 교육위원회, 단체교섭위원회, 정책위원회, 지역사업위원회, 편집위원회, 통일위원회, 정치위원회, 복지사업위원회를 말한다.
제32조(지부장의 상설위원회 활동 의무)① 위원장, 수석부위원장, 사무처장을 제외한 중앙위원은 적어도 하나의 상설위원회에 참가하여 활동할 의무가 있다.
② 임원은 상설위원회 위원장을 겸할 수 있다.
제33조(임무)
① 상설위원회는 맡은 바 분야에 대한 기획 및 집행에 대한 모든 책임을 진다.
② 상설위원회의 운영 및 평가에 관한 사항은 중앙위원회에서 심의, 결정한다.
제34조(위원 및 위원장의 임면) 상설위원회의 위원장 및 위원은 중앙위원회의 심의를 거쳐 위원장이 임면한다.
제35조(상설위원회의 소집 등) ① 상설위원회는 해당 상설위원장이 소집하고 의장이 된다.
② 해당 상설위원회의 부서 담당자가 상설위원회의 간사의 직을 수행함을 원칙으로 하되 위원장은 필요한 경우 달리 정할 수 있다.
제36조(조직위원회) 조합은 조직의 확대·강화와 지부의 단체행동에 관한 지도 및 지원을 위하여 조직위원회를 둔다.
제37조(교육위원회) 조합은 교육사업 수립, 집행, 교육기반과 체계를 확립하기 위하여 교육위원회를 둔다.
제38조(단체교섭위원회) 조합은 교섭 전략과 전술의 개발, 교섭활동에 필요한 각종 조사통계사업의 수행을 위하여 단체교섭위원회를 둔다.
제39조(정책위원회) 조합은 전체 국민 속에서 공공과학기술연구 노동자가 담당해야 할 정책 비판 및 대안개발 기능을 적극 강화·육성하고, 조합의 정책방향을 수립하고 주요한 정책 관련 사업을 집행하기 위하여 정책위원회를 둔다.
제40조(지역사업위원회) 조합은 사회개혁과 조합의 인식 제고, 지역사업의 활발한 추진, 대외협력사업의 수행 등을 위하여 지역사업위원회를 둔다.
제41조(편집위원회) 조합은 기관지, 노보의 발행, 선전·홍보사업 계획의 수립 및 집행을 위하여 편집위원회를 둔다.
제42조(통일위원회) 조합은 외세의 간섭을 극복하고 민족 자주와 평화통일 달성을 위한 정책을 수립하고 실천을 위한 대외 연대 등 통일사업을 수행하기 위하여 통일위원회를 둔다.
제43조(정치위원회) 조합은 노동자의 정치적 권익 도모 및 정치영역에서의 노동자 지위 향상, 조합 및 노동자의 정치적 진출을 위하여 정치위원회를 둔다.
제44조(복지사업위원회) 조합은 조합원의 복리 증진 및 고유 재정 활동을 통해 조합의 사업, 투쟁, 희생자 보조에 필요한 재원을 확보하기 위하여 복지사업위원회를 둔다.

제7절 특별위원회

제45조(특별위원회) ① 조합은 조합활동 및 운영과 관련하여 특별위원회를 둘 수 있다.
② 특별위원회는 중앙위원회의 의결을 거쳐 발족하며, 의장은 위원장이 임면한다.
③ 특별위원회의 위원장은 조합의 상설기구에 협조를 요청할 수 있다.
④ 특별위원회는 발족사유가 해소되면 즉시 활동보고서를 작성하여 위원장에게 제출하여야 하며 중앙위원회의 의결로 해산한다.

제8절 선거관리위원회
제46조(선거관리위원회) 조합은 공정한 선거 관리를 통해 조합의 민주성과 자주성을 확보하고 공정한 선거사무를 집행하기 위해 선거관리위원회를 둔다.
제47조(선거관리규정) 조합은 중앙위원회의 의결로 별도의 선거관리규정을 둔다.

제9절 정책연구소
제48조(정책연구소) 조합은 전체 국민 속에서 공공과학기술연구 노동자가 담당할 수 있는 정책비판 및 대안 개발 기능을 적극 강화, 육성하기 위해 조합 산하의 정책연구소를 둘 수 있고 이를 총괄하는 연구소장은 중앙위원회의 의결로 위원장이 임명한다.
제49조(구성) 정책연구원의 임면은 연구소장의 제청과 중앙위원회의 의결로 위원장이 임면한다.

제10절 고문 및 각 위원
제50조(고문 및 지도위원) ① 조합은 필요에 따라 고문 및 지도위원을 둘 수 있다.
② 고문 및 지도위원은 중앙위원회의 승인을 얻어 위원장이 임면한다.
③ 고문 및 지도위원과 관련된 사항은 별도의 규정으로 정한다.
제51조(전문위원 및 자문위원) ① 조합은 필요에 따라 전문위원 및 자문위원을 둘 수 있다.
② 전문위원 및 자문위원은 중앙위원회의 승인을 얻어 위원장이 임면한다.
③ 전문위원 및 자문위원과 관련된 사항은 별도의 규정으로 정한다.