우리 노동조합과 전국의 정부출연기관, 정부산하기관, 전문생산기술연구소 등 공공부문의 연구개발 및 사업화, 평가관리, 전문분야 공공서비스를 주 업무로 하는 38개 기관의 대표자들이 2006. 12. 20. 오전 11시에 한국과학기술단체총연합회 대회의실에서 2006년도 산별 통일 단체협약 조인식을 가졌다.
우리 노동조합은 44개 기관 중 38개 기관에 대하여 하나의 통일협약(안)을 제시하고 2006. 5. 24.부터 집단적으로 통일 교섭을 6개월 동안 진행하여 마침내 전체 기관에 동일하게 적용할 하나의 실질적 산별협약을 체결하였다.
전문, 본문 101개, 부칙 5개 조항으로 구성된 이 산별 협약은 노동조건 및 제도 개선에 관한 규범적 부분, 노동조합과 사용자 사이의 권리의무를 규정한 채무적 부분, 노사 간 조직에 관한 조직적 부분을 모두 포함하고 있으며, 38개 기관 공통의 정책, 제도적 문제점들을 내외부적으로 해소해가는 계기를 마련되었으며, 집단적 통일 교섭의 형식을 통해 교섭의 효율성을 높이고 한 단계 발전한 산별교섭의 전형을 만들었으며, 이 과정에서 노사 간 이해가 증대되고 기관 간˙기관 구성원 간에 상호 교류와 협력의 가능성을 높였다는 점에서 커다란 의의가 있다 할 것이다.
향후 과제는 이러한 산별교섭 및 대화 방식을 지속적으로 발전 정착시켜 사용자 단체 구성, 정부의 지원과 참여, 정책 및 제도 개선, 노사관계 혁신으로 나가고 이를 통해 내부 역량을 강화함으로써 공공연구 및 관련 기관들의 기술혁신, 대 국민 대 사회 공공서비스를 확충해나가는 일이 될 것이다.

2006년도 전국과학기술노동조합 산별 단체협약 참여 기관
과학기술정책연구원, 광주과학기술원, 대구경북과학기술연구원, 대덕연구개발특구지원본부, 전자부품연구원, 정보통신연구진흥원, 지구환경연구소, 한국건설기술연구원, 한국건자재시험연구원, 한국견직연구원, 한국과학기술기획평가원, 한국과학기술단체총연합회, 한국과학기술정보연구원, 한국과학기술연구원, 한국과학문화재단, 한국과학재단, 한국광기술원, 한국기계연구원, 한국기초과학지원연구원, 한국기초과학지원연구원 핵융합연구센터, 한국생명공학연구원, 한국생산기술연구원, 한국섬유개발연구원, 한국식품연구원, 한국에너지기술연구원, 한국원자력연구소, 한국원자력통제기술원, 한국전기연구원, 한국전자파연구원, 한국지질자원연구원, 한국패션센터, 한국표준과학연구원, 한국한의학연구원, 한국항공우주연구원, 한국해양연구원, 한국화학연구원, 한국화학연구원 안전성평가연구소, 한국환경정책평가연구원,