우리노동조합은 2006년도 단체교섭 상견례에서 교섭단을 연구회별이 아닌 지역별로 구성하는 안을 제시한 바 있다. 교섭단 지역별 구성의 근거에는 통일단체협약 요구(안) 자체가 부처별, 연구회별로 차이가 있지 않은 점, 기관별 차이보다는 공통의 과제 해결과 단체협약 통일에 중점을 두고자 한다는 점, 이동 거리의 비효율성이 있었다.
극히 일부 사용자들의 반발이 있었지만 2차 실무교섭까지 진행되는 동안 대부분의 사용자들은 그 유의미성을 인정해 지역별 교섭단 구성방식을 수용하였다.
지난 15일과 16일 양일간에 걸쳐 수도권A.B, 대전권A.B 각 교섭단별로 2차 실무교섭이 진행되었다. 대전권 A와 B팀은 2차 실무교섭이 진행되고 있음에도 사용자안이 마련되지 않아 조속한 시일내에 사용자안을 마련하여 성실교섭에 임할 것을 촉구하였다. 이에 각 팀별로 26일까지 사용자안을 완성하여 오는 27일 3차 실무교섭을 개최하기로 하였다. 수도권 A와 B팀은 사용자안은 제출하였으나 각 기관에서 기존에 행해지고 있는 조항조차도 하향시켜 수용불가 항목으로 전환시키는 등 교섭이 난항을 겪었으나 성실교섭 원칙에 사용자측이 동의하여 사용자안을 다시 마련하기로 하였다. 수도권 A팀은 차기 실무교섭을 오는 22일에 개최하기로 하고 새로이 구성되는 사용자 안에 조항별로 수용불가를 요구하는 기관이 있을 경우 각 조항에 적시할 것을 요청하였다. 수도권 B팀 역시 22일 차기 실무교섭을 개최키로 하였으며 단 실무교섭에서 진척이 없으면 바로 본교섭에 돌입하여 조항 검토에 들어갈 것을 통보하였다.
한편 새로이 구성된 지역별 교섭팀은 다음과 같다.

■ 수도권 A : 과총, 식품, 전품, 건기연, 과기평, 환경, 광기술원(7)
■ 수도권 B : 해양, STEPI, 건자재, 전자파, KIST, 문화재단, 지구환경(7)
■ 대전권 A : 화학(안전성), 생명, 표준, 원자력, 특구본부, 기초(핵융합), 에너지, 과학재단, 한의학, 패션, 광주과기원(11+2)
■ 대전권 B : 기계, NNCA, 항공, KISTI, 전기, 지질, 생기연, 진흥원, 견직, 섬유, DGIST(11)