2003년도 임금 및 단체협약 체결을 위한 교섭은 아래 5개교섭단별로 대각선교섭 방식으로 진행된다. 상반기에는 임금교섭을 주로하며 몇 몇 지부에서 임금교섭과 아울러 단체협약체결을 위한 교섭을 진행하나 전반적으로 9월부터 단체협약 체결을 위한 교섭을 본격적으로 진행할 예정이다. 교섭단 구성은 다음과 같다.

구분 (단장)	해당지부	담당 임원 (사무처)
제1교섭단 (이기원)	원자력, 과기정 안전기술원, 환경, (관리본부)	사무처장 (총무부장)
제2교섭단 (안형수)	산기평, 산기원, 전품, 건자재, 섬유, 견직, (패션센터, 전자파)	수석부위원장 (조직국장)
제3교섭단 (박명국)	전기, 기계, 화학, 식품, 한의학, 생기원, 과기연, 생명, (지구환경)	부위원장 (교육부장)
제4교섭단 (김종근)	해양, 에너지, 건기연, 과기정보, 항공, 자원, 표준, (시설공단)	수석부위원장 (조직부장)
제5교섭단 (오승원)	과총, 진흥원, 광주, 과기평, 과학재단, 한림원, (문화재단)	부위원장 (선홍국장)

교섭단별 교섭일정은 아래와 같으며 밑줄친 지부는 임금 및 단체협약 체결을 위한 교섭을 동시에 진행한다. (지부별명에 ‘지부’는 생략하고 약칭을 사용하였습니다.)

▷ 1교섭단 : 원자력, 과기정, 안전기술원, 환경, 관리본부 : 5/20 교섭요청공문 발송

▷ 2교섭단 : 산기평(5/22 15:00), 산기원(5/22 10:00), 전품, 건자재, 전자파(5/21 15:00), 견직(5/20 16:00), 패션센터(5/19 13:00), 섬유(5/19 16:00)

▷ 3교섭단 : 생기원(5/30 11:00), 식품(5/28 15:00), 지구환경(5/28 15:00), 전기(5/27 15:00), 한의학(5/26 14:00), 화학(5/22 10:00), 생명(5/22 15:00), 과기연(5/21 11:00), 기계(5/20 10:00)

▷ 4교섭단 : 에너지(5/31 10:00), 자원(5/21 10:30), 해양(5/21 14:00), 건기연(5/21 10:30), 과기정보(5/21 14:00), 항공 (5/20 10:00), 표준(기관비리척결투쟁중), 시설공단(파업중)

▷ 5교섭단 : 과총(6/4-5), 진흥원(5/26 11:00), 과학재단(5/26 15:00), 광주과기원(5/22 13:00), 과기평(5/21 10:00), 문화재단(5/21 15:00), 한림원(5/20 10:00),